办理第三类医疗器械经营许可证的流程大致如下：
了解相关政策和要求。第三类医疗器械包括具有较高风险、对人体有直接或潜在危害的医疗器械，如心脏起搏器、人工关节等，因此审核标准非常严格。
准备申请材料。包括但不限于企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证、医疗器械经营质量管理规范文件、经营场所和设施的说明、产品注册证书、生产许可证等。
提交申请并接受现场检查。将准备好的申请材料提交至所在地食品药品监督管理部门，并缴纳相应的申请费用。监管部门在收到申请后，将组织现场检查，对企业的经营场所、设施、人员等进行实地核查。
整改并等待审批结果。如果在现场检查过程中发现问题，企业需要及时整改，并提交整改报告。监管部门将对整改情况进行评估，决定是否通过审批。
获得许可证并持续合规经营。如果企业顺利通过审批，将获得三类医疗器械经营许可证。企业需要妥善保管许可证，并在经营场所显著位置悬挂。同时，企业要确保持续合规经营，严格遵守医疗器械经营的法律法规，不断完善质量管理体系，确保经营的医疗器械安全有效。
需要注意的是，申请材料的真实性和完整性非常重要，缺少必要的材料会使申请被拒绝或延误审批时间。许可证的有效期为五年，需在有效期截止前60天内重新进行许可证的申请。